MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 3985

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018191	TTTC	2	8	44	51	0 %	75 %	0 %	25 %	398356093
2	NC_018191	GAT	2	6	139	144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356093
3	NC_018191	TCA	2	6	173	178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356093
4	NC_018191	AGC	2	6	189	194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356093
5	NC_018191	AAG	2	6	230	235	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356093
6	NC_018191	TCA	2	6	245	250	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356093
7	NC_018191	ATG	2	6	302	307	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356093
8	NC_018191	TGC	2	6	337	342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356094
9	NC_018191	CGG	2	6	385	390	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356094
10	NC_018191	TCT	2	6	433	438	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356094
11	NC_018191	CCA	2	6	451	456	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356094
12	NC_018191	TGC	2	6	478	483	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356094
13	NC_018191	TGC	2	6	533	538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356094
14	NC_018191	CGG	2	6	549	554	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356094
15	NC_018191	TCC	2	6	607	612	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356094
16	NC_018191	GCC	2	6	635	640	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356094
17	NC_018191	AGC	2	6	717	722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356094
18	NC_018191	TCT	2	6	745	750	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356094
19	NC_018191	CTCGAA	2	12	783	794	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	398356094
20	NC_018191	GAT	2	6	797	802	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356094
21	NC_018191	TCG	2	6	901	906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356094
22	NC_018191	GCGAT	2	10	925	934	20 %	20 %	40 %	20 %	398356094
23	NC_018191	ATG	2	6	943	948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356094
24	NC_018191	CAT	2	6	956	961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356095
25	NC_018191	GCA	2	6	988	993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356095
26	NC_018191	TGT	2	6	1007	1012	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356095
27	NC_018191	CG	3	6	1029	1034	0 %	0 %	50 %	50 %	398356095
28	NC_018191	CAAGC	2	10	1045	1054	40 %	0 %	20 %	40 %	398356095
29	NC_018191	CGT	2	6	1066	1071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356095
30	NC_018191	ATC	2	6	1089	1094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356095
31	NC_018191	GGC	2	6	1106	1111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356095
32	NC_018191	CAC	2	6	1120	1125	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356095
33	NC_018191	CGG	2	6	1186	1191	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356095
34	NC_018191	TTG	2	6	1194	1199	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356095
35	NC_018191	AGGA	2	8	1224	1231	50 %	0 %	50 %	0 %	398356095
36	NC_018191	TCGGC	2	10	1267	1276	0 %	20 %	40 %	40 %	398356095
37	NC_018191	GAC	2	6	1342	1347	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356095
38	NC_018191	GGCGT	2	10	1464	1473	0 %	20 %	60 %	20 %	398356095
39	NC_018191	TGG	2	6	1492	1497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356095
40	NC_018191	GAA	2	6	1514	1519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356095
41	NC_018191	GCC	2	6	1598	1603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356095
42	NC_018191	GCC	2	6	1663	1668	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356095
43	NC_018191	TAG	2	6	1683	1688	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356095
44	NC_018191	GGC	2	6	1698	1703	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356095
45	NC_018191	CGG	2	6	1813	1818	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356095
46	NC_018191	ATC	2	6	1980	1985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356095
47	NC_018191	CAG	2	6	1988	1993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356095
48	NC_018191	CG	3	6	2011	2016	0 %	0 %	50 %	50 %	398356095
49	NC_018191	TCT	2	6	2050	2055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356095
50	NC_018191	GCA	2	6	2171	2176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356095
51	NC_018191	TTG	2	6	2185	2190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356095
52	NC_018191	GAC	2	6	2201	2206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356095
53	NC_018191	CG	3	6	2212	2217	0 %	0 %	50 %	50 %	398356095
54	NC_018191	GCC	2	6	2286	2291	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356095
55	NC_018191	CTGG	2	8	2312	2319	0 %	25 %	50 %	25 %	398356095
56	NC_018191	AAG	2	6	2360	2365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356095
57	NC_018191	GCA	2	6	2478	2483	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356095
58	NC_018191	CG	3	6	2507	2512	0 %	0 %	50 %	50 %	398356095
59	NC_018191	ATC	2	6	2523	2528	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356095
60	NC_018191	GC	3	6	2533	2538	0 %	0 %	50 %	50 %	398356095
61	NC_018191	GTC	2	6	2546	2551	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356095
62	NC_018191	CAG	2	6	2629	2634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356096
63	NC_018191	T	6	6	2650	2655	0 %	100 %	0 %	0 %	398356096
64	NC_018191	CAC	2	6	2711	2716	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356096
65	NC_018191	CTT	2	6	2762	2767	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356096
66	NC_018191	CAGG	2	8	2774	2781	25 %	0 %	50 %	25 %	398356096
67	NC_018191	CGT	2	6	2791	2796	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356096
68	NC_018191	GCC	2	6	2816	2821	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356096
69	NC_018191	GCCA	2	8	2934	2941	25 %	0 %	25 %	50 %	398356096
70	NC_018191	CGC	2	6	2950	2955	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356096
71	NC_018191	ATC	2	6	2967	2972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356096
72	NC_018191	GCCG	2	8	3039	3046	0 %	0 %	50 %	50 %	398356097
73	NC_018191	CTT	2	6	3076	3081	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356097
74	NC_018191	GC	3	6	3082	3087	0 %	0 %	50 %	50 %	398356097
75	NC_018191	GTG	2	6	3090	3095	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356097
76	NC_018191	GTC	2	6	3101	3106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356097
77	NC_018191	CGC	2	6	3130	3135	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356097
78	NC_018191	GAC	2	6	3136	3141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356097
79	NC_018191	GAAT	2	8	3150	3157	50 %	25 %	25 %	0 %	398356097
80	NC_018191	ACGG	2	8	3164	3171	25 %	0 %	50 %	25 %	398356097
81	NC_018191	CTGA	2	8	3211	3218	25 %	25 %	25 %	25 %	398356097
82	NC_018191	GC	3	6	3235	3240	0 %	0 %	50 %	50 %	398356097
83	NC_018191	AAC	2	6	3250	3255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356097
84	NC_018191	CGC	3	9	3271	3279	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356097
85	NC_018191	TTCT	2	8	3289	3296	0 %	75 %	0 %	25 %	398356097
86	NC_018191	CGAC	2	8	3324	3331	25 %	0 %	25 %	50 %	398356097
87	NC_018191	TGC	2	6	3347	3352	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356097
88	NC_018191	GAA	2	6	3571	3576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356098
89	NC_018191	AAG	2	6	3593	3598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356098
90	NC_018191	CTT	2	6	3601	3606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356098
91	NC_018191	TGC	2	6	4268	4273	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356099
92	NC_018191	AGC	2	6	4274	4279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356099
93	NC_018191	GCC	2	6	4300	4305	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356099
94	NC_018191	TTGTCG	2	12	4325	4336	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	398356099
95	NC_018191	CTC	2	6	4372	4377	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356099
96	NC_018191	GAA	2	6	4401	4406	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356099
97	NC_018191	CTG	2	6	4438	4443	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356099
98	NC_018191	AAG	2	6	4457	4462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356099
99	NC_018191	CG	4	8	4485	4492	0 %	0 %	50 %	50 %	398356099
100	NC_018191	TGG	2	6	4493	4498	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356099
101	NC_018191	TGGC	2	8	4528	4535	0 %	25 %	50 %	25 %	398356099
102	NC_018191	GC	3	6	4611	4616	0 %	0 %	50 %	50 %	398356099
103	NC_018191	GACC	2	8	4620	4627	25 %	0 %	25 %	50 %	398356099
104	NC_018191	TTC	2	6	4655	4660	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356099
105	NC_018191	GGCT	2	8	4663	4670	0 %	25 %	50 %	25 %	398356099
106	NC_018191	GCC	2	6	4699	4704	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356099
107	NC_018191	GAG	2	6	4720	4725	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356099
108	NC_018191	TCG	2	6	4760	4765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356099
109	NC_018191	CGG	2	6	4850	4855	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356099
110	NC_018191	GTC	2	6	4856	4861	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356099
111	NC_018191	CG	3	6	4932	4937	0 %	0 %	50 %	50 %	398356099
112	NC_018191	AGATC	2	10	4953	4962	40 %	20 %	20 %	20 %	398356099
113	NC_018191	TGAGCG	2	12	4971	4982	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	398356099
114	NC_018191	GCCGC	2	10	5018	5027	0 %	0 %	40 %	60 %	398356099
115	NC_018191	CG	3	6	5048	5053	0 %	0 %	50 %	50 %	398356099
116	NC_018191	TCG	2	6	5054	5059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356099
117	NC_018191	GAT	2	6	5164	5169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356099
118	NC_018191	CG	3	6	5201	5206	0 %	0 %	50 %	50 %	398356099
119	NC_018191	GGCG	2	8	5399	5406	0 %	0 %	75 %	25 %	398356099
120	NC_018191	ACATG	2	10	5413	5422	40 %	20 %	20 %	20 %	398356099
121	NC_018191	CCG	2	6	5450	5455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356100
122	NC_018191	GTC	2	6	5467	5472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356100
123	NC_018191	CAT	2	6	5487	5492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356100
124	NC_018191	ACC	2	6	5571	5576	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356100
125	NC_018191	GCT	2	6	5635	5640	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356101
126	NC_018191	CCT	2	6	5658	5663	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356101
127	NC_018191	GC	3	6	5675	5680	0 %	0 %	50 %	50 %	398356101
128	NC_018191	GCCC	2	8	5716	5723	0 %	0 %	25 %	75 %	398356101
129	NC_018191	GC	3	6	5798	5803	0 %	0 %	50 %	50 %	398356101
130	NC_018191	TCG	2	6	5816	5821	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356101
131	NC_018191	GC	3	6	5838	5843	0 %	0 %	50 %	50 %	398356101
132	NC_018191	CGA	2	6	5844	5849	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356101
133	NC_018191	CGA	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356101
134	NC_018191	CCG	2	6	5896	5901	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356101
135	NC_018191	CT	3	6	5959	5964	0 %	50 %	0 %	50 %	398356101
136	NC_018191	ATG	2	6	6008	6013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356101
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138	NC_018191	GC	3	6	6056	6061	0 %	0 %	50 %	50 %	398356101
139	NC_018191	TG	3	6	6065	6070	0 %	50 %	50 %	0 %	398356101
140	NC_018191	GCG	2	6	6081	6086	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356101
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144	NC_018191	CTTCG	2	10	6428	6437	0 %	40 %	20 %	40 %	398356102
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151	NC_018191	GCCGTT	2	12	6834	6845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356102
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156	NC_018191	TTCG	2	8	7078	7085	0 %	50 %	25 %	25 %	398356102
157	NC_018191	TGAG	2	8	7165	7172	25 %	25 %	50 %	0 %	398356102
158	NC_018191	ACG	2	6	7288	7293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356102
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161	NC_018191	CCT	2	6	7480	7485	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356102
162	NC_018191	TCGA	2	8	7511	7518	25 %	25 %	25 %	25 %	398356102
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165	NC_018191	GAC	2	6	7749	7754	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356103
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173	NC_018191	CCG	2	6	8123	8128	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356103
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180	NC_018191	GC	4	8	8393	8400	0 %	0 %	50 %	50 %	398356103
181	NC_018191	TCA	2	6	8405	8410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356103
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184	NC_018191	CGC	2	6	8494	8499	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356104
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192	NC_018191	GC	3	6	8839	8844	0 %	0 %	50 %	50 %	398356104
193	NC_018191	GC	3	6	8873	8878	0 %	0 %	50 %	50 %	398356104
194	NC_018191	GGA	2	6	8900	8905	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356104
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242	NC_018191	TCGA	2	8	11364	11371	25 %	25 %	25 %	25 %	398356108
243	NC_018191	GGC	2	6	11374	11379	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356108
244	NC_018191	GTA	2	6	11390	11395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356108
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246	NC_018191	CCG	2	6	11461	11466	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356108
247	NC_018191	TGA	2	6	11815	11820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356109
248	NC_018191	TCG	2	6	11874	11879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356109
249	NC_018191	GTTT	2	8	11960	11967	0 %	75 %	25 %	0 %	398356109
250	NC_018191	CGAA	2	8	11972	11979	50 %	0 %	25 %	25 %	398356109
251	NC_018191	CGG	2	6	12072	12077	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356110
252	NC_018191	CTG	2	6	12131	12136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356110
253	NC_018191	CG	3	6	12172	12177	0 %	0 %	50 %	50 %	398356110
254	NC_018191	CGA	2	6	12184	12189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356110
255	NC_018191	GA	3	6	12243	12248	50 %	0 %	50 %	0 %	398356110
256	NC_018191	GA	3	6	12268	12273	50 %	0 %	50 %	0 %	398356110
257	NC_018191	GCG	2	6	12285	12290	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356111
258	NC_018191	CGT	2	6	12309	12314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356111
259	NC_018191	CGC	2	6	12324	12329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356111
260	NC_018191	ACC	2	6	12335	12340	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356111
261	NC_018191	TGA	2	6	12369	12374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356111
262	NC_018191	TCC	2	6	12567	12572	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356112
263	NC_018191	CCG	4	12	12622	12633	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356112
264	NC_018191	ATG	2	6	13073	13078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356113
265	NC_018191	GAC	2	6	13189	13194	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356113
266	NC_018191	TCCA	2	8	13205	13212	25 %	25 %	0 %	50 %	398356113
267	NC_018191	CCG	2	6	13309	13314	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356114
268	NC_018191	ATG	2	6	13318	13323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356114
269	NC_018191	TGC	2	6	13331	13336	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356114
270	NC_018191	GAA	2	6	13360	13365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356114
271	NC_018191	CGC	2	6	13390	13395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356114
272	NC_018191	GCC	3	9	13397	13405	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356114
273	NC_018191	GGC	2	6	13461	13466	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356114
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280	NC_018191	A	6	6	13846	13851	100 %	0 %	0 %	0 %	398356114
281	NC_018191	GTC	2	6	13853	13858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356114
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284	NC_018191	TCG	2	6	14007	14012	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356114
285	NC_018191	CCT	2	6	14038	14043	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356114
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287	NC_018191	TCAGG	2	10	14077	14086	20 %	20 %	40 %	20 %	398356114
288	NC_018191	TTC	2	6	14094	14099	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356114
289	NC_018191	CCT	2	6	14481	14486	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356115
290	NC_018191	TCC	2	6	14520	14525	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356115
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299	NC_018191	CGATC	2	10	15105	15114	20 %	20 %	20 %	40 %	398356116
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302	NC_018191	TGCA	2	8	15310	15317	25 %	25 %	25 %	25 %	398356116
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375	NC_018191	TGA	2	6	19105	19110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356120
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388	NC_018191	CGC	2	6	19568	19573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356120
389	NC_018191	CGA	2	6	19593	19598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356120
390	NC_018191	CAT	2	6	19696	19701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356121
391	NC_018191	TCG	2	6	19707	19712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356121
392	NC_018191	GATCGA	2	12	19729	19740	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	398356121
393	NC_018191	CAT	2	6	19756	19761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356121
394	NC_018191	AGC	2	6	19767	19772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356121
395	NC_018191	CCG	2	6	19854	19859	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356121
396	NC_018191	GAC	2	6	19864	19869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356121
397	NC_018191	CCTT	2	8	19940	19947	0 %	50 %	0 %	50 %	398356121
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399	NC_018191	GCC	3	9	19976	19984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356121
400	NC_018191	AG	3	6	19999	20004	50 %	0 %	50 %	0 %	398356121
401	NC_018191	CAT	2	6	20026	20031	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356121
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403	NC_018191	CCTCGA	2	12	20086	20097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	398356121
404	NC_018191	TGC	2	6	20119	20124	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356121
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406	NC_018191	GCG	3	9	20373	20381	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356121
407	NC_018191	CGA	2	6	20425	20430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356121
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422	NC_018191	GCA	2	6	21850	21855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356124
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499	NC_018191	GCC	2	6	25347	25352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356128
500	NC_018191	AGCTG	2	10	25369	25378	20 %	20 %	40 %	20 %	398356128

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